A matriz organizativa do Ensino Secundário integra as componentes do currículo nacional, tal como definido pelo Ministério de Educação e Ciência, com a unidade letiva definida a sessenta minutos.
Ao longo dos três anos do ensino secundário, as disciplinas sujeitas a avaliação externa beneficiam de um reforço da carga horária semanal e, em alguns casos, de aulas desdobradas, garantindo um acompanhamento mais próximo e um ensino verdadeiramente personalizado. Este reforço permite uma exploração mais aprofundada dos conteúdos, promovendo um domínio sólido das matérias e uma preparação mais confiante e consistente para os desafios académicos futuros.
Com o objetivo de desenvolver um conjunto alargado de competências e preparar os alunos para serem cidadãos ativos, responsáveis e conscientes do seu papel numa sociedade em constante transformação — que valoriza tanto o conhecimento técnico como as denominadas soft skills — o Colégio promove, no âmbito da Oferta Complementar, a disciplina Perfil do Aluno Efanor (PAE).
Nesta disciplina, os alunos participam em sessões orientadas por profissionais de diferentes áreas, onde são desafiados a comunicar, colaborar, resolver problemas e inovar. Estas experiências permitem-lhes consolidar competências essenciais para o sucesso pessoal, académico e profissional, reforçando uma formação integral e alinhada com os valores do Colégio Efanor.